Ekstrakurikuler adalah kegiatan pendidikan yang dilakukan oleh siswa sepulang sekolah atau di luar jam pelajaran. Kegiatan ekstrakurikuler dilakukan di bawah bimbingan sekolah, ini juga menjadi penunjang siswa untuk mendapatkan nilai tambahan diluar jam pelajaran. Tujuan diadakannya kegiatan ekstrakurikuler adalah untuk mengembangkan kepribadian, minat, bakat, kemampuan siswa di luar kegiatan belajar mengajar dan sebagai penyalur hobi siswa secara positif yang dapat mengasah kemampuan, kreatifitas, jiwa sportifitas dan meningkatkan rasa percaya diri.
Berikut ini adalah nama-nama ekstrakurikuler yang ada di SMA Negeri 1 Malinau, yakni:
A. Ekstrakurikuler Olah raga :
- Sepak Bola
- Bola Basket
- Bola Voli
- Futsal
B. Ekstrakurikuler Seni Musik :
- Paduan Suara
- Olah Vokal
- Band
C. Ekstrakurikuler Seni Tari :
- Tarian Tradisional
- Modern Dance
D. Ekstrakurikuler Seni Beladiri :
- Pencak Silat
- Tae Kwon Do
- Karate
- Kempo
E. Ekstrakurikuler Seni Media :
- Jurnalistik
- Majalah Dinding/Mading
F. Ekstrakurikuler Lainnya :
- Pramuka
- Paskibra
- Desain Grafis
- Bahasa dan Sastra Indonesia
- English Club
- Palang Merah Remaja (PMR)
- Karya Ilmiah Remaja (KIR)
- Kerohanian (Rohis, Rohkris, dll)
- Cerdas Cermat 4 Pilar